【文件属性】：
文件名称：bnpsd:R包用于建模和模拟混合种群
文件大小：102KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-17 23:56:01
R
bnpsd
bnpsd （“ Balding-Nichols Pritchard-Stephens-Donnelly”）R包用于模拟混合种群。 更具体地说， bnpsd促进了混合种群结构的构建以及来自BN-PSD混合模型的等位基因频率和基因型的模拟。 该模型将针对中间亚群的Balding-Nichols（BN）等位基因频率模型与特定于特定混合物比例的Pritchard-Stephens-Donnelly（PSD）模型相结合。 该模型可以模拟复杂的人口结构，非常适合说明亲属系数和FST估计方面的挑战。 请注意，模拟的基因座是独立绘制的（处于连锁平衡状态）。
安装
该软件包的稳定版本现在位于CRAN上，可以使用以下命令安装
install.packages( " bnpsd " )
可以使用devtools从GitHub存储库安装当前开发版本：
install.packages( " d
【文件预览】：
bnpsd-master
----.gitignore(55B)
----NAMESPACE(445B)
----NEWS.md(10KB)
----vignettes()
--------bnpsd.bib(4KB)
--------bnpsd.Rmd(27KB)
----R()
--------draw_p_subpops.R(6KB)
--------draw_all_admix.R(12KB)
--------draw_genotypes_admix.R(6KB)
--------coanc_to_kinship.R(2KB)
--------tree_additive.R(9KB)
--------bias_coeff_admix.R(3KB)
--------make_p_ind_admix.R(3KB)
--------admix_prop_1d_circular.R(10KB)
--------admix_prop_indep_subpops.R(3KB)
--------draw_p_anc.R(2KB)
--------scale_tree.R(3KB)
--------draw_p_subpops_tree.R(9KB)
--------fixed_loci.R(2KB)
--------fit_tree.R(14KB)
--------coanc_tree.R(3KB)
--------fst_admix.R(2KB)
--------rescale_coanc_subpops.R(3KB)
--------validate_coanc_tree.R(4KB)
--------bias_coeff_admix_fit.R(7KB)
--------bnpsd.R(3KB)
--------coanc_admix.R(3KB)
--------admix_prop_1d_linear.R(9KB)
----.Rbuildignore(76B)
----man()
--------coanc_to_kinship.Rd(2KB)
--------draw_genotypes_admix.Rd(3KB)
--------coanc_tree.Rd(2KB)
--------make_p_ind_admix.Rd(2KB)
--------admix_prop_indep_subpops.Rd(2KB)
--------draw_p_anc.Rd(1KB)
--------admix_prop_1d_circular.Rd(5KB)
--------bnpsd.Rd(3KB)
--------fit_tree.Rd(3KB)
--------scale_tree.Rd(1KB)
--------admix_prop_1d_linear.Rd(5KB)
--------coanc_admix.Rd(2KB)
--------fst_admix.Rd(2KB)
--------fixed_loci.Rd(1KB)
--------tree_additive.Rd(5KB)
--------figures()
--------draw_all_admix.Rd(5KB)
--------draw_p_subpops.Rd(3KB)
--------draw_p_subpops_tree.Rd(3KB)
----README.md(4KB)
----tests()
--------testthat.R(54B)
--------testthat()
----inst()
--------CITATION(661B)
----cran-comments.md(1KB)
----DESCRIPTION(1KB)