文件名称：ksw2:全局对齐和对齐扩展
文件大小：115KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-28 22:18:41
bioinformatics sequence-alignment C
介绍 KSW2是一个基于动态编程（DP）来比对一对生物序列的文库。 到目前为止，它在仿射缺口成本函数：gapCost（ k ）= q + k * e或两件式仿射缺口成本：gapCost2（ k ）= min { q + k * e ， q2 + k * e2 }。 对于后一个成本函数，如果q + e < q2> e2 ，则（ q ， e ）仅有效地应用于短间隙，而（ q2 ， e2 ）适用于不小于ceil（（ q2 - q ）/（ e - e2 ）-1）。 它有助于保持较长的差距。 两件式成本背后的算法接近于 。 KSW2支持固定条带，还可以选择产生带有左对齐或右对齐间隙的对齐路径（即CIGAR）。 它基于的对角线提供了使用SSE2和SSE4.1内在函数的实现，无论内部对齐的最大分数如何，它对内部循环的大部分都可以进行16路SSE并行化。 KSW2实现了Suzuki-
【文件预览】：
ksw2-master
----.gitignore(22B)
----ksw2_gg2_sse.c(5KB)
----README.md(9KB)
----ksw2_gg.c(3KB)
----cli.c(9KB)
----test()
--------q2.fa.gz(16KB)
--------MT-orang.fa(16KB)
--------q1.fa(130B)
--------MT-human.fa(16KB)
--------t2.fa.gz(16KB)
--------t1.fa(225B)
----ksw2_extz2_sse.c(13KB)
----kalloc.h(500B)
----ksw2_extf2_sse.c(4KB)
----tex()
--------bioinfo.cls(28KB)
--------aln-dp.tex(17KB)
--------natbib.bst(26KB)
--------ksw2.tex(8KB)
--------aln-dp.bib(6KB)
--------natbib.sty(34KB)
----kseq.h(9KB)
----ksw2_extz.c(4KB)
----ksw2_exts2_sse.c(16KB)
----ksw2.h(8KB)
----ksw2_gg2.c(4KB)
----LICENSE.txt(1KB)
----kalloc.c(7KB)
----Makefile(1KB)
----ksw2_extd2_sse.c(17KB)
----ksw2_extd.c(5KB)