【文件属性】：
文件名称：poreover:纳米Kong基调用和共识解码
文件大小：15.65MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-07 16:27:59
Python
PoreOver：纳米Kong基础调用和共识解码
介绍
PoreOver是牛津纳米Kong测序平台的基础调用工具，主要用于共识解码原始基础调用者概率以实现。 PoreOver包括一个独立的RNN基调调用程序（PoreOverNet），可用于生成这些概率，尽管结合ONT的研究基调调用程序之一可以实现最高的共识精度。
更一般而言，PoreOver可以用作探索新解码算法和基础调用体系结构的平台。
如果您觉得有用，请引用：
Pair consensus decoding improves accuracy of neural network basecallers for nanopore sequencing.
Jordi Silvestre-Ryan, Ian Holmes. bioRxiv 2020.02.25.956771; doi: https://doi.org/10.1101/
【文件预览】：
poreover-master
----setup.py(1KB)
----.gitignore(291B)
----requirements.txt(55B)
----Makefile(200B)
----data()
--------pairs.txt(1000B)
--------flappie_trace.hdf5(495KB)
--------model()
--------bonito022.patch(529B)
--------training.npz(41.66MB)
--------bonito_io.patch(94B)
--------reads()
--------guppy_flipflop.fast5(395KB)
--------read.fast5(135KB)
----LICENSE(1KB)
----README.md(5KB)
----tests()
--------test_forward.py(2KB)
--------test_beam.py(5KB)
--------test_prefix.py(9KB)
--------poreover.csv(61KB)
--------test_transducer.py(2KB)
--------testing.py(5KB)
----logo.png(18KB)
----poreover()
--------decoding()
--------__init__.py(46B)
--------network()
--------align()
--------__main__.py(8KB)