【文件属性】：
文件名称：diffCircadian：差异昼夜节律分析
文件大小：12.64MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-17 04:21:13
R
diff昼夜节律
Omics数据昼夜节律和微分昼夜节律分析
从github安装此软件包
在R控制台中
library(devtools)
install_github("diffCircadian/diffCircadian")
引文
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完整教程
昼夜节律检测简短教程
library(diffCircadian)
set.seed(32608)
n <- 50
tt <- runif(n,0,24)
Amp <- 2
Phase <- 6
Offset <- 3
yy <- Amp * sin(2*pi/24 * (tt + Phase)) + Offset + rnorm(n,0,1)
LR <- LR_rhythmicity(tt, yy) ## LR test
LR
## curve fitting visualization
tt0 <- seq(0,24,0.1)
y
【文件预览】：
diffCircadian-master
----diffCircadian.Rproj(303B)
----vignettes()
--------diffCircadian_tutorial.html(1.41MB)
--------diffCircadian_tutorial.Rmd(19KB)
----NAMESPACE(191B)
----DESCRIPTION(635B)
----R()
--------opt_commonSigma.R(2KB)
--------.DS_Store(8KB)
--------PermutationTest.R(2KB)
--------LRTest_diff_amp.R(4KB)
--------fisherInformation2.R(4KB)
--------PermTest_diff_R2.R(3KB)
--------opt_commonOffset.R(6KB)
--------BA11young.R(807B)
--------LR_rhythmicity.R(2KB)
--------WaldTest_diff_amp.R(3KB)
--------LRTest.R(3KB)
--------PermTest_diff_phase.R(3KB)
--------opt_commonAmp.R(7KB)
--------opt_commonPhase.R(7KB)
--------fitSinCurve.R(2KB)
--------LRTest_diff_offset.R(4KB)
--------LRTest_diff_sigma2.R(3KB)
--------WaldTest_diff_sigma2.R(3KB)
--------PermTest_diff_offset.R(3KB)
--------LR_diff.R(5KB)
--------BA11.R(775B)
--------WaldTest_diff_phase.R(3KB)
--------LRTest_diff_phase.R(4KB)
--------PermTest_diff_amp.R(3KB)
--------WaldTest.R(3KB)
--------FTest.R(2KB)
--------WaldTest_diff_offset.R(3KB)
--------BA11old.R(801B)
----.Rbuildignore(126B)
----LICENSE(34KB)
----README.md(1KB)
----data()
--------BA11old.rda(1.25MB)
--------BA11.rda(9.57MB)
--------BA11young.rda(1.07MB)
----man()
--------BA11young.Rd(930B)
--------LR_rhythmicity.Rd(2KB)
--------BA11.Rd(888B)
--------LR_diff.Rd(3KB)
--------fitSinCurve.Rd(1KB)
--------BA11old.Rd(920B)
----.gitignore(739B)