【文件属性】：
文件名称：lefse分析（LDA差异贡献分析）
文件大小：5.23MB
文件格式：7Z
更新时间：2022-09-01 18:07:12
微生物分析
LDA差异贡献分析，PCA和LDA的差别在于，PCA，它所作的只是将整组数据整体映射到最方便表示这组数据的坐标轴上，映射时没有利用任何数据内部的分类信息，是无监督的，而LDA是由监督的，增加了种属之间的信息关系后，结合显著性差异标准测试(克鲁斯卡尔-沃利斯检验和两两Wilcoxon测试)和线性判别分析的方法进行特征选择。除了可以检测重要特征，他还可以根据效应值进行功能特性排序，这些功能特性可以解释顶部的大部分生物学差异。使用LefSe软件分析获得，其中显著差异的logarithmic LDA score设为2。
问题：LDA分析有什么用？
回答：组间差异显著物种又可以称作生物标记物（biomarkers），该分析主要是想找到组间在丰度上有显著差异的物种。
这是用于微生物的请配合看博主对应的lefse分析文章来使用。
【文件预览】：
plot_res.py
rpy2-master
----.gitattributes(483B)
----example()
--------Rpy2Ggplot.py(690B)
----rpy2-2.3.7.win32-py2.7.exe(320KB)
----README.md(2KB)
----numpy-1.7.1.zip(3MB)
----.gitignore(3KB)
qiime2lefse.py
lefsebiom
----CClade.py(7KB)
----ConstantsBreadCrumbs.py(5KB)
----__init__.py(0B)
----ValidateData.py(19KB)
----AbundanceTable.py(96KB)
run_lefse.py
hmp_aerobiosis_small.txt
requirements.txt
__init__.py
lefse.pyc
example
----hmp_aerobiosis_small.png(88KB)
----bioconda-lefse_run.sh(3KB)
----hmp_aerobiosis_small.txt(660KB)
----hmp_aerobiosis_small.cladogram.png(218KB)
----hmp_aerobiosis_small.res(102KB)
----222.R(123B)
----hmp_aerobiosis_small.xlsx(325KB)
----ok.bat(512B)
----hmp_aerobiosis_small.in(1.26MB)
----biomarkers_raw_images()
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Incertae_Sedis_XIV.png(38KB)
--------1_Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Bacteroidales-Bacteroidaceae.png(35KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Veillonellaceae-Phascolarctobacterium.png(38KB)
--------1_Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Bacteroidales-Rikenellaceae-Alistipes.png(39KB)
--------1_Bacteria-Actinobacteria-Actinobacteria-Actinomycetales-Propionibacteriaceae-Propionibacterium.png(37KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Ruminococcaceae-Anaerotruncus.png(41KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Bacilli-Lactobacillales.png(33KB)
--------1_Bacteria-Bacteroidetes.png(34KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Ruminococcaceae-Sporobacter.png(39KB)
--------1_Bacteria-Actinobacteria-Actinobacteria-Actinomycetales-Actinomycetaceae.png(37KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales.png(38KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Ruminococcaceae-Ruminococcus.png(37KB)
--------1_Bacteria-Actinobacteria.png(34KB)
--------1_Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderiales.png(35KB)
--------1_Bacteria-Actinobacteria-Actinobacteria-Actinomycetales-Corynebacteriaceae-Corynebacterium.png(38KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Bacilli-Bacillales-Staphylococcaceae-Staphylococcus.png(41KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia.png(36KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Bacilli-Bacillales-Staphylococcaceae.png(39KB)
--------1_Bacteria-Actinobacteria-Actinobacteria-Actinomycetales-Corynebacteriaceae.png(36KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Erysipelotrichi-Erysipelotrichales-Erysipelotrichaceae-Coprobacillus.png(43KB)
--------1_Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderiales-Alcaligenaceae-Parasutterella.png(40KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Lachnospiraceae-Dorea.png(37KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Ruminococcaceae-Subdoligranulum.png(39KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Lachnospiraceae.png(36KB)
--------1_Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Bacteroidales.png(37KB)
--------1_Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Bacteroidales-Rikenellaceae.png(34KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Erysipelotrichi-Erysipelotrichales.png(40KB)
--------1_Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Bacteroidales-Porphyromonadaceae-Parabacteroides.png(39KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Incertae_Sedis_XIV-Blautia.png(38KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Ruminococcaceae-Oscillibacter.png(38KB)
--------1_Bacteria-Actinobacteria-Actinobacteria-Actinomycetales-Propionibacteriaceae.png(35KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Bacilli.png(31KB)
--------1_Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Pseudomonadales.png(39KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Incertae_Sedis_XI-Anaerococcus.png(37KB)
--------1_Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia.png(31KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Lachnospiraceae-Coprococcus.png(40KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Lachnospiraceae-Anaerostipes.png(37KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Ruminococcaceae-Faecalibacterium.png(38KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Incertae_Sedis_XI.png(38KB)
--------1_Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderiales-Alcaligenaceae.png(40KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Ruminococcaceae.png(37KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Bacilli-Bacillales.png(36KB)
--------1_Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Bacteroidales-Porphyromonadaceae.png(36KB)
--------1_Bacteria-Actinobacteria-Actinobacteria-Actinomycetales.png(34KB)
--------1_Bacteria-Actinobacteria-Actinobacteria.png(33KB)
--------1_Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Bacteroidales-Bacteroidaceae-Bacteroides.png(36KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Lachnospiraceae-Roseburia.png(34KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Clostridia-Clostridiales-Ruminococcaceae-Butyricicoccus.png(37KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Erysipelotrichi-Erysipelotrichales-Erysipelotrichaceae.png(37KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes-Erysipelotrichi.png(38KB)
--------1_Bacteria-Firmicutes.png(31KB)
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.hgtags
plot_features.py
plot_cladogram.py
.hg_archival.txt
ok.bat
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biomarkers_raw_images
lefse.py
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