文件名称：Cecret:用于分析SARS-COV-2的Nextflow工作流程
文件大小：795KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-06 19:00:05
Nextflow
秘密 以美丽的命名 位置：40.570°N 111.622°W，3,875 m（9,875英尺） Cecret是@erinyoung在开发的工作流用于SARS-COV-2测序与/ Illumina的混合库准备的工作流程与协议MiSeq数据和。 旨在在基于Linux的操作系统上工作。 云批处理使用需要其他配置文件。 Cecret也是。 入门 git clone https://github.com/UPHL-BioNGS/Cecret.git 为了让您的生活更轻松，请遵循 cd Cecret git init 这样您就可以使用git pull进行更新。 开始工作流程之前 安装依赖项 需要Nextflow版本20+（ nextflow -v来检查您的安装） 或者 （警告：创建者和维护者使用奇异性，可能无法对所有问题进行故障排除） 用法 安排成对的fastq.gz配对如下，或使用para
【文件预览】：
Cecret-master
----Cecret.nf(53KB)
----configs()
--------artic_V3_nCoV-2019.bed(12KB)
--------nCoV-2019.insert.bed(3KB)
--------example.config(11KB)
--------docker.config(68B)
--------singularity.config(88B)
--------MN908947.3.gff(4KB)
--------MN908947.3.fasta(30KB)
--------UPHL.config(434B)
----Cecret_annotation.nf(9KB)
----images()
--------sample_bamsnap.png(22KB)
--------Cecret_workflow.png(851KB)
----LICENSE(1KB)
----README.md(17KB)
----bin()
--------genbank_submission.sh(9KB)