文件名称：gruinard_decon：eDNA元条形码净化流程
文件大小：23KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-09 05:09:46
R
格鲁纳德·德Kong eDNA元条形码净化管道。 该R脚本在输出的社区表上执行6步净化方案。 该脚本的目的是介于Anacapa Toolkit和，提供一系列清洗和预处理步骤，以在数据分析和探索之前去除污染的ASV和序列不良的样品。 注意：此脚本当前尚在开发中，版本为0.0。 但是，我决定共享此代码，以防更大的eDNA metabarcoding社区感兴趣的任何部分，即使在这个早期阶段也是如此。 该代码将在2020年夏季和秋季更新，以改善功能。 另外，请随时与我联系并推荐任何建议，实用程序，功能等。 我想承认这个脚本是建立在许多其他出色的元条形码科学家的工作之上的。 我在很大程度上依赖 ， 和。 感谢您致力于开放式访问软件以向所有人提供编码资源。 清洗过程 清除过程0：删除所有正向，反向和非合并读取并删除用于按读取类型对ASV进行子集化的Singleton。 当前选项为a）合并或b）
【文件预览】：
gruinard_decon-master
----example_metadata.txt(1KB)
----LICENSE(1KB)
----example_anacapa_table.txt(4KB)
----gruinard_decontam_script.R(104KB)
----decontamination_utilities.R(4KB)
----README.md(9KB)