charybdis:元条形码管道

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文件名称：charybdis:元条形码管道
文件大小：15.3MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-06 04:01:49
HTML 查理比迪斯 元条形码管道和各种实用程序脚本。 概述 元条形码是一种评估混合DNA样品中生物多样性的方法。 使用高通量测序可扩增大量环境DNA。 各种过滤和分类分配技术用于识别生物。 有关元条形码的更多信息： 对于使用charybdis出版的作品： 助 Mary Charybdis涉及许多使用各种编程语言编写的脚本。 通过创建这些脚本的管道并设置每个脚本的参数来完成charybdis项目。 由于各个项目的需求各不相同，因此很难创建一种适合所有人的计划。 因此，使用小型模块化程序似乎是最有效的。 本手册介绍了charybdis管道中的每个脚本，演示了示例管道，并提供了有关设置数据库和在HPC上运行的指南。 支持多种分配方法，我可以同时运行。 例如，用户可以提供使用BLAST和VSEARCH的选项。 在分配步骤，管道拆分和两种方法并行运行。 每种方法都会产生许多结果文件。 这些