文件名称：Soja_Env_Association:Soja环境协会手稿的脚本和小数据文件
文件大小：5.34MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-27 17:41:19
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大豆环境协会 该存储库包含用于甘氨酸大豆环境协会手稿的分析脚本和小型数据文件。 其中一些数据文件可在手稿中找到，但也可以在此处使用，以方便使用。 大数据文件使用压缩。 稿件状态：准备中 内容： 数据/ 6K_Genetic_Physical_Map ： SoySNP6K的物理和遗传图谱位置，如所报道 骨膜周围：染色体名称，骨膜周围开始，骨膜周围结束。 从 。 Soja_533x32416.clst ：最终数据集的群集文件。 （ 格式） Soja_533x32416.map ：最终数据集中每个SNP的物理位置。 （ 格式） Soja_533x32416.ped ：最终数据集的基因分型矩阵。 （ 格式） SoySNP50K_V1-V2_Positions ： SoySNP50K的转换表（ ），从Wm82-a1到Wm82-a2。 Structure_extraparams ：
【文件预览】：
Soja_Env_Association-master
----README.md(4KB)
----Scripts()
--------Plot_FST_SPA_cMMb.R(9KB)
--------Genotype_Matrix_To_Fasta.py(3KB)
--------LD_Decay.R(6KB)
--------Nicholson_FST.R(7KB)
--------exract_bioclimatic_biophysical_data.R(2KB)
--------Matrix_to_Column.py(996B)
--------Create_Manhattanplots.Rmd(1KB)
--------Marker_Spacing.R(6KB)
--------CreateMap.Rmd(2KB)
--------PerSNP_Pairwise_FSTs.R(2KB)
--------Make_Nicholson_FST_Inputs.py(10KB)
--------Pairwise_LD.R(4KB)
--------Pericentromeric_FSTs.R(5KB)
--------PCA.R(3KB)
--------Folded_SFS.R(3KB)
--------biophysical_bioclmatic_maps.R(2KB)
--------SNP_QC.R(2KB)
----Data()
--------Soja_533x32416.clst.bz2(1KB)
--------6K_Genetic_Physical_Map.txt.bz2(29KB)
--------Soja_533x32416.map.bz2(274KB)
--------Structure_extraparams.bz2(39B)
--------Structure_mainparams.bz2(442B)
--------SoySNP50K_V1-V2_Positions.txt.bz2(665KB)
--------Soja_533x32416.ped.bz2(4.43MB)
--------Pericentromeres.txt.bz2(215B)