文件名称：ancient_DNA_salish_sea:手稿的脚本
文件大小：2.46MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-05 00:48:36
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古代DNA的杂交捕获 该存储库包含手稿“古代DNA的杂交捕获揭示了900年来海岸萨利什（Salish）渔业冬季产卵鲱鱼种群的收获”中使用的脚本。 研究概述 长期以来，不同种群或表型对生态系统产品的贡献程度尚不清楚。 对种群多样性进行时间研究在诸如太平洋鲱鱼等饲料鱼中尤为重要，因为它们是沿海食物网，文化和经济的基础。 在这项研究中，我们使用从华盛顿普吉特海湾伯顿英亩考古遗址出土的鲱鱼骨（N = 44）中提取的古代DNA，研究了近千年来遗传上不同的鲱鱼种群对食物供应的相对贡献。 我们应用杂交捕获技术对古代样本中约5,000个SNP进行基因分型，并确定了沿海岸Salish渔民在约900年的时间里收获的鲱鱼种群。 目录结构
【文件预览】：
ancient_DNA_salish_sea-main
----.gitattributes(66B)
----scripts()
--------observed_heterozygosity.png(10KB)
--------fastqc_adapter.png(42KB)
--------step7_individual_heterozygosity.md(3KB)
--------step6_FilterLociHWE.md(6KB)
--------mapdamage_plot.pdf(15KB)
--------step2_align_to_genome.md(4KB)
--------step4b_VariantCalling_ModernSamples.md(6KB)
--------step5_CombiningAncient&ModernData_bcftools_isec.md(7KB)
--------step3_aDNA_mapdamage.md(3KB)
--------step4a_VariantCalling_AncientSamples.md(6KB)
--------step1_process_raw_data.md(5KB)
--------fastqc_quality.png(48KB)
--------mapdamage_plot.png(18KB)
--------sequence_adapters.png(9KB)
--------observed_heterozygosity.pdf(5KB)
--------plot_mapdamage.R(3KB)
--------step8_CheckforDuplicateIndividuals_IdentityByDescent.md(7KB)
--------step8_EstimateLD.md(3KB)
----.Rhistory(0B)
----Photo6.jpg(2.37MB)
----README.md(1KB)