文件名称：thread:用谱系重建祖先单倍型
文件大小：1.35MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-19 17:57:23
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线 thread是一个软件包，用于重建祖先的基因组，并提供最近个体的血统结构和基因型数据。 有关该方法的更多详细信息，请参见我们的。 在使用thread之前，应先对基因型或序列数据进行分阶段（推荐： SHAPEIT2 ），然后再调用IBD片段（推荐： GERMLINE ）。 然后可以使用两个步骤来应用thread ： 产生一个json文件（创建一个字典来保存来自GERMLINE IBD信息）： $ python3 match2json.py -g example/toy_germline.match -s example/toy_pedigree.txt -m example/toy.map -p example/toy_geno.ped -j example/toy.json 运行重建管道，可以选择为重建的个体生成序列信息的ped文件： $ python3 thread.py -g
【文件预览】：
thread-master
----IBD_content.py(22KB)
----AncestorNode.py(2KB)
----Couple.py(1KB)
----IBD.py(10KB)
----PedigreeTree.py(16KB)
----Individual.py(5KB)
----probabilities.py(4KB)
----recombination_points.py(3KB)
----thread.py(6KB)
----visualization()
--------new_thread_viz.html(3.6MB)
----README.md(2KB)
----example()
--------toy_germline.match(2KB)
--------toy.json(2.36MB)
--------recon.ped(1.28MB)
--------toy_geno.ped(619KB)
--------toy_anc.ped(1.28MB)
--------toy_pedigree.txt(221B)
--------toy.map(619KB)
----util.py(1KB)
----match2json.py(4KB)
----Reconstruction.py(25KB)
----IBD_Group.py(6KB)