文件名称：purge_dups:单倍型重复鉴定工具
文件大小：303KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-28 05:58:02
C
Purge_Dups 根据读取深度清除部件中的单体型和重叠 目录结构 scripts / pd_config.py：用于生成run_purge_dups.py使用的配置文件的脚本。 scripts / run_purge_dups.py：运行purge_dups管道的脚本。 scripts / run_busco：运行busco的脚本，依赖项：busco。 scripts / run_kcm：制作k-mer比较图的脚本。 scripts / sub.sh：提交场作业的shell脚本。 src：purge_dups源文件。 src / split_fa：用'N's分割fasta文件。 src / pbcstat：根据pacbio数据为程序集创建读取深度直方图和基本级别的读取深度。 src / ngstat：根据照明数据为装配创建读取深度直方图和基本级别读取深度。 src
【文件预览】：
purge_dups-master
----src()
--------kvec.h(3KB)
--------opt.c(3KB)
--------paf.h(637B)
--------ksort.h(6KB)
--------version.h(572B)
--------sdict.c(2KB)
--------bamlite.h(4KB)
--------opt.h(1KB)
--------asset.h(2KB)
--------ngscstat.c(8KB)
--------sdict.h(538B)
--------cov.h(840B)
--------split_fa.c(2KB)
--------asset.c(12KB)
--------cov.c(2KB)
--------khash.h(21KB)
--------pbcstat.c(5KB)
--------get_seqs.c(11KB)
--------makefile(751B)
--------bamlite.c(7KB)
--------paf.c(2KB)
--------calcuts.c(15KB)
--------kseq.h(9KB)
--------purge_dups.c(45KB)
----purge_dupspipeline.png(265KB)
----LICENSE(1KB)
----scripts()
--------pd_config.py(5KB)
--------run_busco(1KB)
--------run_purge_dups.py(13KB)
--------sub.sh(284B)
--------run_busco2(856B)
--------hist_plot.py(3KB)
--------run_kcm(1KB)
----README.md(11KB)