文件名称：libssa:SIMD加速最佳序列比对的库
文件大小：18.98MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-19 07:25:58
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利萨 介绍 libssa是用于SIMD加速最佳序列比对的库。 这个项目目前是我硕士论文的一部分。 其目的是提供用于将查询序列与序列数据库进行比对的功能。 这里的主要重点是： 使用Needleman-Wunsch算法优化全局序列比对 使用Smith-Waterman算法优化局部序列比对 使用多线程和SIMD指令加速对齐 小型公共API 本文的主要部分是展示AVX2指令集对加速最佳序列比对的好处。 与类似，是一组指令，可在现代CPU上提供SIMD（单指令，多数据）处理。 过去已经证明，使用SSE（TODO引用）可以大大提高速度。 AVX2通过SSE实现了更宽的寄存器：256位而不是128位。 假设是使用AVX2而不是SSE的速度快一倍。 局限性 错误退出 仍在进行中 libssa许可证和第三方许可证 libssa代码已获得GNU Affero通用公共许可证版本3的许可。 libssa