文件名称：具有任意步骤的序列比对：确定两个序列之间允许的“步骤”的最佳比对-matlab开发
文件大小：2KB
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更新时间：2024-06-19 06:07:00
matlab
确定最佳比对，允许的“步骤”，在两个序列之间，并在给定的相似性函数下。
在特殊情况下 S=[1 0; 0 1; 1 1]（以及适当的相似性函数），该算法与经典的 Needleman-Wunsch 序列比对过程相同。
这可以等效地用于计算两个序列之间的广义编辑距离。
该实现基于：
Steffen Eger，具有任意步骤和进一步概括的序列比对，以及在语言学中比对的应用。 信息科学 (2013), 237: 287--304。
也可以看看： B. John Oommen，带有替换、插入、删除、压缩和扩展操作的字符串对齐。 信息科学 (1995), 83: 89--107。
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seqAlign.zip