文件名称：alignESS:酶促步骤序列的比对
文件大小：796KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-14 22:50:51
Python
对齐方式 一种使用动态编程（DP）Needleman–Wunsch算法进行酶促步骤序列（ESS）对齐的程序。 该程序可以执行以下对齐： pair ESS command line pairwise comparisson using DP dbalign ESSs database(s) alignment using DP multi ESSs multiple alignment using GA 使用DP算法生成成对的比对，使用遗传算法（GA）生成多个ESS的比对。 依存关系 该程序可以在Python 3中运行。它可以在Anaconda基本安装中正常运行！ （包括numpy，matplotib，cython和pytest）。 逐对对齐（简单的逐对对齐或数据库对齐）： 赛顿 麻木 matplotl
【文件预览】：
alignESS-master
----bin()
--------AlineaMultiple(797KB)
----utilities()
--------convert_output.py(3KB)
--------legacy()
----profile_nwx()
--------ipython_config.py(22KB)
--------ipython_kernel_config.py(18KB)
--------db()
--------startup()
--------history.sqlite(157KB)
----ecs_entropy.py(6KB)
----tests()
--------multi.txt(573B)
--------random_frag_ind.txt(8KB)
--------test_nwx.py(12KB)
--------part_name.txt(3KB)
--------nr_part.db(8KB)
--------trash()
--------random_frag.txt(7KB)
--------.cache()
----LICENSE(34KB)
----ent_matrix.png(37KB)
----.gitignore(13B)
----ec.list(1015KB)
----README.md(7KB)
----get_align.py(1KB)
----nw_ec_align.py(19KB)
----alignESS.py(17KB)
----nw_ec_alignx.pyx(26KB)
----h_ent_mat.npz(765KB)