文件名称：lathe:利用纳米Kong长读测序从元基因组生成细菌基因组的工具
文件大小：63.03MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-11 13:34:22
Python
车床 利用纳米Kong长读测序从元基因组生成细菌基因组的工具 安装 首先，安装 然后安装snakemake。 这可以通过以下方式完成。 conda install snakemake snakemake --version #please ensure this is >=5.4.3 接下来，将此github目录克隆到可以永久存储的某个位置。 记住要用git pull保持更新。 git clone https://github.com/elimoss/lathe.git 可以在找到启用SLURM集群执行的说明。 典型的安装时间：5-10分钟。 更改自2021-02-03 车床已适应于同时运行多个样本，而不是每个snakemake命令仅运行一个样本。 管道现在可以从纳米Kong运行中获取.fast5原始数据，也可以接收基本的fastq文件。 配置文件已更改以反映这一点。 现在，
【文件预览】：
lathe-master
----README.md(6KB)
----singularity()
--------Singularity.htsbox(671B)
--------Singularity.quickmerge(2KB)
--------Singularity.longread(3KB)
----LICENSE(1KB)
----cloud_execution.txt(1KB)
----scripts()
--------._kmer.sh(4KB)
--------encircle.py(2KB)
--------join_several2.py(466B)
--------unused()
--------._find_spanned_contigs.py(4KB)
--------._join_several2.py(4KB)
--------spancircle.py(2KB)
--------._plasmid_dendro.R(4KB)
--------plasmid_dendro.R(3KB)
--------kmer.sh(745B)
----tutorial()
--------atcc_tutorial()
--------inputdata()
--------config_nobasecalling.yaml(970B)
----Snakefile(36KB)
----config.yaml(2KB)