文件名称：matlab左除源代码-ECM_yeast:自动化管道用于啤酒酵母*碳代谢简化模型的完整动力学参数化
文件大小：7.72MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-17 09:28:25
系统开源
matlab左除源代码ECM_yeast 用于酿酒酵母*碳代谢简化模型的完整动力学参数化的自动化管道。 作为输出，获得了SBtab模型文件，该文件将Kcat，KM和平衡常数纳入了原始网络中所有React的模块化速率定律中。 关键字词 回购类别：代谢建模； 利用：基于约束的新陈代谢建模； 领域：蛋白质分配研究； 眼科来源：蛋白质组学，代谢组学； 分类学：酿酒酵母 最近更新：2019-09-11 该存储库由查尔默斯理工大学生物与生物工程系系统与合成生物学系管理 安装 必备软件 （7.5或更高） 这 这 （建议使用5.17.0版）。 Python 3.6 安装说明 从克隆主分支。 在终端/命令外壳程序中，运行以下命令： pip install pandas git clone https://gitlab.com/elad.noor/equilibrator-api.git cd equilibrator-api python setup.py install 发展方针 欢迎任何人为OrthOmics的发展做出贡献，但请遵守以下准则。 每个功能都应从带注释的部分开始，该部分描述了功能并解释
【文件预览】：
ECM_yeast-devel
----.gitignore(7B)
----results()
--------parameters()
--------plots()
----data()
--------manual.xlsx(15KB)
--------BRENDA()
--------ProtDatabase.mat(4.07MB)
--------TaxonomicDistance_KEGG.mat(1.26MB)
----Others()
--------Copy of manual.xlsx(12KB)
--------paramCoverage.xlsx(34KB)
--------DataCoverage.pptx(1.49MB)
--------EcoliNoorExcel.xlsx(80KB)
----code()
--------model_curation()
--------ParametersCoverage.m(10KB)
--------run_ECMyeast.m(212B)
--------visualization()
--------parameterize_model()
----models()
--------reducedYeast.xml(171KB)
--------reducedYeast_ECM.tsv(58KB)
--------model.mat(13KB)
--------reducedYeast.mat(14KB)
--------model.xml(171KB)
--------reducedYeast_ECM.xml(299KB)
--------model.xls(86KB)
--------KEGG_model_Scaffold.txt(4KB)
----LICENSE(1KB)
----README.md(4KB)
----testcases()
--------basicTests.m(2KB)
--------sourceCode()
--------testcases.m(3KB)
--------fluxes()
--------conditions()
--------atpYields.m(4KB)