文件名称：smoothxg:使用封闭的偏序对齐来线性化和简化变异图
文件大小：183KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-09 14:04:29
C++
光滑的 使用偏序对齐的变异图局部重建 从原始比对组构建的Pangenome图可能具有复杂的局部结构，这些结构是由基因组变异的常见模式生成的。这些局部非线性会给下游分析，可视化和解释变化图带来困难。 smoothxg查找变化图smoothxg线的路径块。它将部分顺序对齐应用于每个块，从而生成一个非循环变化图。然后，要生成“平滑的”图，它将走原始路径将这些子图连接在一起。生成的图形仅包含大于所选块大小的循环或反相结构，否则为线性线性。除了为图提供线性结构外， smoothxg通过对每条链应用最重的捆绑算法，使用smoothxg来提取共有基因组图。 为了找到块， smoothxg应用了一个贪婪算法，该算法假定根据图节点在图的嵌入路径中的出现情况对图节点进行排序。在odgi sort -Y实现的基于路径引导的随机梯度下降的一维排序旨在提供这种排序。 建筑 smoothxg使用cmake构建自身及
【文件预览】：
smoothxg-master
----.gitignore(47B)
----src()
--------blocks.cpp(12KB)
--------tempfile.hpp(932B)
--------chain.hpp(6KB)
--------zstdutil.hpp(898B)
--------xg.hpp(28KB)
--------prep.hpp(761B)
--------xg.cpp(102KB)
--------consensus_graph.cpp(38KB)
--------progress.hpp(4KB)
--------tempfile.cpp(4KB)
--------maf.hpp(2KB)
--------utils.cpp(2KB)
--------breaks.hpp(1KB)
--------smooth.cpp(97KB)
--------smooth.hpp(4KB)
--------chain.cpp(26KB)
--------cleanup.hpp(555B)
--------consensus_graph.hpp(2KB)
--------breaks.cpp(25KB)
--------prep.cpp(5KB)
--------zstdutil.cpp(4KB)
--------main.cpp(29KB)
--------cleanup.cpp(4KB)
--------blocks.hpp(3KB)
--------utils.hpp(540B)
----LICENSE(1KB)
----.gitmodules(2KB)
----deps()
--------edlib()
--------BBHash()
--------sdsl-lite()
--------ips4o()
--------libbf()
--------atomicbitvector()
--------mkmh()
--------abPOA()
--------mmmulti()
--------cgranges()
--------spoa()
--------sautocorr()
--------args()
--------odgi()
--------atomic_queue()
--------libhandlegraph()
--------gfakluge()
----.github()
--------workflows()
----README.md(2KB)
----test()
--------data()
----CMakeLists.txt(13KB)