文件名称：seqwish:与变异图诱导子对齐
文件大小：967KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-02 14:19:44
C++
顺序 这些序列uences希望他们被压扁成图。 变异图诱导子 seqwish实现了从序列之间的成对比对到编码序列及其比对的变异图的无损转换。 作为输入，我们通常采用所有对所有对齐方式，但是可以以特定于应用程序的方式定义对齐方式集的确切结构。 该算法使用一系列磁盘支持的排序，并经过比对和序列输入，以允许从非常大的输入构建图形，而在处理大量嘈杂的输入序列时通常会遇到这种大输入。 构造和遍历期间的内存使用量受到排序的磁盘支持的数组和简洁的等级/选择字典的记录的可查询版本的限制。 压缩图归纳算法 作为输入，我们有Q ，它是从中构建图的序列的串联。 我们构建一个压缩后缀数组（CSA），将序列名称映射到Q中的偏移量，并使用在位向量上使用秩/选择字典进行逆运算，以在Q中标记序列的开始。 这使我们能够在Q序列中的位置之间进行映射， Q序列是对齐算法通常表示对齐方式的格式，而Q本身中的位置则是我们将用作生成