文件名称：spoa:SIMD偏序对齐方式
文件大小：49KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-26 15:41:40
C++
斯波亚 Spoa（SIMD POA）是偏序对齐（POA）算法（如10.1093 / bioinformatics / 18.3.452中所述）的c ++实现，用于生成共有序列（如10.1093 / bioinformatics / btg109中所述）。 它支持三种对齐方式：局部（史密斯-沃特曼），全局（Needleman-Wunsch）和半全局对齐（重叠），以及三种间隙模式：线性，仿射和凸（逐段仿射）。 它还支持Intel SSE4.1 +和AVX2矢量化（由于高延迟变化，速度快）， 和调度。 用法 要构建spoa，请运行以下命令： git clone https://github.com/rvaser/spoa && cd spoa && mkdir build && cd build cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release .. && make 这将创
【文件预览】：
spoa-master
----.gitignore(31B)
----src()
--------sisd_alignment_engine.cpp(29KB)
--------simd_alignment_engine_implementation.hpp(69KB)
--------simd_alignment_engine_dispatcher.cpp(1KB)
--------simd_alignment_engine_dispatch.cpp(353B)
--------graph.cpp(17KB)
--------sisd_alignment_engine.hpp(2KB)
--------simd_alignment_engine.hpp(3KB)
--------main.cpp(11KB)
--------alignment_engine.cpp(3KB)
----.travis.yml(919B)
----LICENSE(1KB)
----README.md(6KB)
----include()
--------spoa()
----Config.cmake.in(288B)
----test()
--------data()
--------spoa_test.cpp(16KB)
----CMakeLists.txt(8KB)