【文件属性】：
文件名称：SVDB:结构变异数据库软件
文件大小：27KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-29 15:54:44
Python
SVDB
SVDB 是一个用于构建和查询结构变体数据库的工具包。 数据库是使用来自结构变体调用程序（如 TIDDIT、Manta、Fermikit 或 Delly）的输出 vcf 文件构建的。 SVDB 还可用于合并来自多个调用者或个人的 SV vcf 文件。
支持的公共数据库
SVDB查询支持公共数据库，例如上千个基因组的SV图和Gnomad SV，以及大多数多样本SV vcf文件
千人基因组SV数据库：
ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/phase3/integrated_sv_map/
斯威根SVDB：
GNOMAD SV 数据库：
外部数据库是这样运行的：
svdb --query \
--query_vcf /home/jesper/vcf/6_pair_limit/P2109_120.clean.dedup.
【文件预览】：
SVDB-master
----Dockerfile(831B)
----.gitignore(55B)
----README.md(8KB)
----.github()
--------workflows()
----tests()
--------test_overlap_module.py(2KB)
--------test_dbscan.py(859B)
--------test_export.py(275B)
--------__init__.py(0B)
--------test_readvcf.py(209B)
----LICENSE(1KB)
----svdb()
--------query_module.py(11KB)
--------merge_vcf_module.py(7KB)
--------build_module.py(4KB)
--------merge_vcf_module_cython.py(9KB)
--------overlap_module.py(2KB)
--------export_module.py(11KB)
--------readVCF.py(3KB)
--------__init__.py(0B)
--------__main__.py(9KB)
--------DBSCAN.py(3KB)
--------database.py(1KB)
----Singularity()
--------SVDB.2.2.0(605B)
--------SVDB.2.3.0(605B)
--------SVDB.2.4.0(605B)
----setup.py(774B)
----.travis.yml(260B)