文件名称：CNVnator:用于通过映射读取从覆盖深度发现CNV和进行基因分型的工具
文件大小：71.79MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-03 02:12:52
C++
自述文件 快速入门指南 # Extract read mapping $ ./cnvnator -root file.root -tree file.bam -chrom 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16\ 17 18 19 20 21 22 X Y OR $ ./cnvnator -root file.root -tree file.bam -chrom $(seq 1 22) X Y OR $ ./cnvnator -root file.root -tree file.bam -chrom chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8\ chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22
【文件预览】：
CNVnator-master
----EXOnator.hh(1KB)
----Visualizer.cpp(13KB)
----Visualizer.hh(2KB)
----CITATION(937B)
----ExampleData()
--------1KG.20160622.strict_mask.hg38_GRCh38.fa.gz.fai(762B)
--------1KG.20160622.strict_mask.hg38_GRCh38.fa.gz(37.8MB)
--------1KG.20141020.strict_mask.hg19_GRCh37.fa.gz.gzi(756KB)
--------README(549B)
--------1KG.20160622.strict_mask.hg38_GRCh38.fa.gz.gzi(754KB)
--------1KG.20141020.strict_mask.hg19_GRCh37.fa.gz.fai(690B)
--------1KG.20141020.strict_mask.hg19_GRCh37.fa.gz(42.65MB)
----HisMaker.cpp(185KB)
----VcfParser.cpp(3KB)
----plotrdbaf.py(5KB)
----AliParser.hh(3KB)
----Interval.hh(1KB)
----Genome.hh(954B)
----pytools()
--------io.py(5KB)
--------__init__.py(25B)
----cnvnator.cpp(17KB)
----plotcircular.py(4KB)
----Dockerfile(1KB)
----cnvnator2VCF.pl(5KB)
----Genome.cpp(9KB)
----callbaf.py(5KB)
----Interval.cpp(2KB)
----IO.hh(3KB)
----FastaParser.hh(833B)
----plotbaf.py(4KB)
----INSTALL(4KB)
----EXOnator.cpp(13KB)
----IO.cpp(14KB)
----Genotyper.cpp(4KB)
----Makefile(2KB)
----AliParser.cpp(6KB)
----VcfParser.hh(1KB)
----.dockerignore(29B)
----FastaParser.cpp(1KB)
----README.md(16KB)
----license.rtf(2KB)
----Genotyper.hh(589B)
----HisMaker.hh(10KB)