hPSMC:从整个基因组推断F1杂交PSMC(hPSMC)发散时间的工具

时间:2024-05-20 18:45:23
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文件名称:hPSMC:从整个基因组推断F1杂交PSMC(hPSMC)发散时间的工具

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更新时间:2024-05-20 18:45:23

Python

这些脚本的使用 此处提供的所有脚本均可免费用于个人或学术用途,而无需任何担保。 我已经在自己的硬件上测试了这些脚本,但无法保证它与其他硬件或软件兼容。 如果您在出版物中使用此程序,我们要求您引用我们的论文:( )。 hPSMC 从整个基因组推断F1杂交PSMC(hPSMC)发散时间的工具 从两个示例创建一个hPSMC .psmcfa输入文件 将每个bam文件单倍化为fasta。 我在这里使用R.Ed Green的pu2fa程序-https 用法:对于每条染色体运行: samtools mpileup -s -f REF\_GENOME -q30 -Q60 -r CHROMOSOME BAMFILE.bam | \ pu2fa -c CHROMOSOME -C MAX\_COVERAGE > haploidized_fasta.fa 很高的基本质量阈值“ -Q60”可用于最大程度地


【文件预览】:
hPSMC-master
----psmcfa_from_2_fastas.py(4KB)
----hPSMC_quantify_split_time.py(5KB)
----LICENSE(34KB)
----PSMC_emit_last_iteration_coord.py(2KB)
----compare_sims_to_data.py(3KB)
----ms2psmcfa.py(3KB)
----README.md(4KB)
----psmc_runner.py(3KB)

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