haslr:快速读取长短序列杂交基因组的快速工具

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文件名称：haslr:快速读取长短序列杂交基因组的快速工具
文件大小：85KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-03-08 18:23:58
bioinformatics nanopore genomics pacbio genome-assembly HASLR：长读的快速混合组装 介绍 HASLR是用于长测序读数的快速基因组组装的工具。 HASLR是一种混合工具，这意味着它需要使用同一样品的第三代测序技术（例如PacBio或Oxford Nanopore）生成的长读本以及下一代测序读物（例如Illumina）。 HASLR能够在单个计算节点上组装大型基因组。 我们的实验表明，使用64个CPU线程，它可以在不到10小时的时间内组装CHM1人类数据集。 安装 要求 GCC≥4.8.5 Python3 zlib 依存关系 HASLR依赖于以下将自动安装的工具： 用于共识阅读长篇文章 用于组装短读 用于将短阅读重叠群与长阅读对齐 用于FASTA / Q操作 使用conda 可以使用conda软件包管理器通过bioconda渠道安装HASLR： conda install -c bioconda haslr 从源头建造 git clo

【文件预览】：
haslr-master
----.gitignore(83B)
----Makefile(2KB)
----src()
--------haslr_assemble()
--------minia_nooverlap()
----bin()
--------haslr.py(19KB)
----LICENSE(34KB)
----README.md(9KB)