文件名称：chromosome_communities:使用无参数社区检测来探索人类全基因组中的染色体关系
文件大小：2KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-06 13:14:16
Shell
HPRC中的染色体群落 此存储库包含用于评估HPRCy1v2程序集之间的染色体分离的脚本。 我们首先应用所有近似的映射： wfmash -m -t 48 -Y "#" -p 98 -s 100000 -l 300000 -n 90 hprcy1v2.fa hprcy1v2.fa >hprcy1v2.self.paf 然后，我们收集> 1Mbp长的序列之间的映射： awk '$2 > 1000000 && $7 > 1000000' hprc.y1v2.self.paf >hprc.y1v2.self.1M.paf 为了评估染色体群落，我们使用从映射中构建了一个“比对图”。 在此图中，节点是重叠群，边是它们之间的映射。 o=hprc.y1v2.self.1M.paf pafnet $f -e >$o.edgelist pafnet $f -l >$o.names 然后，使用获得Lou
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chromosome_communities-main
----do_louvain.sh(438B)
----rand_louvain.sh(478B)
----README.md(2KB)