文件名称：ngspipeline:NGS管道
文件大小：104KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-26 12:40:03
Perl
轻量级 NGS 管道制造商。 管道实际上是一个命令列表。 更准确地说，管道组合了一系列独立的步骤或作业，其中每个作业由密切相关的命令组成（例如samtools view 、 samtools sort和samtools index总是嵌入在一个步骤中）。 知道了作业之间的依赖关系，就可以构建完整的依赖树。 对于PBS系统，管道制造商至少应该做到以下几点： 将命令放入 shell 脚本中。 设置 PBS 参数，例如内存、请求时间、CPU 数量。 解决作业之间的依赖。 更强大的管道制造商可以支持： 监视作业的状态（即它是失败还是成功）。 检查作业是否成功完成。 从上次失败的作业中恢复，而不是从管道的开头开始。 在这里我开发了一个轻量级的管道制造商。 它允许快速实施 NGS 管道。 当它经过全面测试后，可以迁移到更强大的管道管理员，例如Roddy 。 在这个存储库中，有一个
【文件预览】：
ngspipeline-master
----zcat.pl(135B)
----collect_fastqc.pl(3KB)
----lib_expression.R(10KB)
----RNASeq_pipeline.pl(4KB)
----lib()
--------CO()
--------List()
----create_test_data.pl(1KB)
----count_normalize_and_QC.R(11KB)
----get_rnaseqqc_table.pl(971B)
----WGS_pipeline.pl(3KB)
----README.md(6KB)
----get_sample_list_from_std_dir.pl(3KB)
----qsub_single_line.pl(1KB)
----test_data()
--------f2(0B)
--------f1(0B)
----CHIPSeq_pipeline.pl(3KB)
----TODO(36B)
----.gitignore(18B)
----WGBS_pipeline.pl(4KB)
----get_chipseqqc_table.pl(764B)