文件名称：nextflow_pipelines：Babraham中使用的NGS处理管道集
文件大小：4.38MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-14 11:05:25
Nextflow
Babraham Nextflow管道 介绍 该存储库包含用于大量处理NGS数据的nextflow管道。 这些管道旨在在我们集群的环境中工作，但可以很容易地使其在其他地方工作。 这些管道使运行大量序列的标准处理变得容易。 它们通常分为以下两种类型之一： 用于完整处理特定类型数据（例如nf_rnaseq ）的nf_rnaseq ，它将运行多个链接的程序 运行单个程序的管道（例如nf_fastq_screen ），在需要更有限的处理时很有用 所有管道均设计为可直接执行，并且其中许多管道只需要提供一组fastq文件即可处理。 任何执行定位步骤的人都将需要提供基因组的详细信息进行处理。 可以在此找到更多详细的技术信息。 环境 此处显示的管道旨在在以下环境中运行：所有必需的分析工具和基因组已经可用，并且存在用于组织大量作业的排队系统（Slurm是我们配置中的默认设置）。 这意味着管道可以以最少的