文件名称：ngs_pipelines:用于典型 NGS 处理任务的基于 Nextflow 的管道
文件大小：12KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-06 11:05:51
Groovy
NGS 管道 入门 首先，安装依赖项： Nextflow ( ) FastQC ( ) 串烧（ ） BWA ( ) Samblaster ( ) Samtools ( ) STAR 对准器 ( ) Freebayes ( ) htslib ( ) vcflib ( ) Bedtools2 ( ) GNU 并行（在您的 Linux 发行版中应该有一个包） 然后，克隆存储库： # git clone https://github.com/bihealth/ngs_pipelines.git 并运行管道 # nextflow run align_dna.nf \ --dataDir $HOME/Data/2015_03_11_triple_cohort/wes_tumor \ --runID MM065_wes_tumor \
【文件预览】：
ngs_pipelines-master
----.gitattributes(85B)
----align_rna.nf(8KB)
----lib()
--------FastQC.groovy(165B)
--------PathUtil.groovy(375B)
--------ParamsHelper.groovy(596B)
--------ChannelUtil.groovy(413B)
--------CopyHelper.groovy(2KB)
----call_multisample.nf(4KB)
----nextflow.config(1KB)
----LICENSE(1KB)
----align_dna.nf(5KB)
----README.md(4KB)
----.gitignore(94B)