文件名称：MATLAB典型环节代码-nuctools:用于从高通量测序数据分析染色质特征占用情况的软件
文件大小：10.05MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 04:02:23
系统开源
MATLAB典型代码Nuc工具 NucTools是一个用于从高通量测序数据分析染色质特征占用情况的软件包 高通量测序方法的生物医学应用产生了大量数据，其中许多染色质特征沿着基因组定位。 经常通过创建二进制数据集来分析结果，这些数据集将给定特征的存在与否与特定基因组基因座相关联。 但是，核小体的占据或染色质可及性格局基本上是连续的。 当前，应对深度测序染色质读数的连续分布并整合不同类型的离散染色质特征以揭示它们之间的联系是本领域的挑战。 在这里，我们介绍了Perl脚本的NucTools套件以及基于MATLAB和R的可视化程序，用于以核小体为中心的深度测序数据的下游分析。 NucTools负责核小体占用的连续分布。 它允许计算几次重复实验中平均的核小体占用率曲线，比较不同实验条件之间的核小体占用态势，以及估算整体染色质特性（如核小体重复长度）的变化。 此外，NucTools有助于用其他染色质特征（如转录因子或建筑蛋白的结合）和表观遗传标记（如组蛋白修饰或DNA甲基化）来注释核小体的存在。 系统要求 建议使用具有至少64 GB RAM的Linux（2.6内核或更高版本），Windows 7
【文件预览】：
nuctools-master
----figures()
--------splash.png(543KB)
--------Memory_usage.png(30KB)
--------chr1.nrl.PNG(155KB)
--------NucTools_Manuscript_Figure1_scheme.png(110KB)
----aggregate_profile.pl(53KB)
----average_replicates.pl(12KB)
----bowtie2bed.pl(7KB)
----bed2occupancy_average.pl(14KB)
----nucleosome_repeat_length.pl(27KB)
----NucTools manuscript bash files()
--------bash_fuzzy_regions_mESC_100bp.sh(5KB)
--------bash_aggregate_profile_GSM2183911_AT_fuzzy-nucs.sh(11KB)
--------bash_compare_MEF_vs_ESC.sh(16KB)
--------bash_calculate_occupancy_GSM2183911.sh(3KB)
--------bash_stable_nucs_mESC_100bp_sh(5KB)
--------bash_aggregate_profile_GSM2183911_AT_LOCs.sh(13KB)
--------bash_heatmap_MEF-nucs_AT_CTCF.sh(12KB)
--------README.md(706B)
--------bash_aggregate_profile_GSM2183911_AT_stable-nucs.sh(11KB)
--------bash_average_over_all_mESC_replicates.sh(20KB)
--------bash_nucleosome_repeat_length_GSM2183911.sh(3KB)
----extract_chr_bed.pl(12KB)
----stylesheets()
--------normalize.css(8KB)
--------github-light.css(3KB)
--------stylesheet.css(6KB)
----stable_nucs_replicates.pl(15KB)
----CMB()
--------ClusterMaps_Builder_src.zip(2.09MB)
--------Win_ClusterMapBuilder_web.zip(5.11MB)
--------README.md(1KB)
--------ClusterMaps_Builder_Manual_v3.pdf(2.09MB)
----LICENSE(34KB)
----README.md(18KB)
----merge2tabs.pl(9KB)
----average_replicates.DBI.pl(14KB)
----calc_fragment_length.pl(24KB)
----extend_SE_reads.pl(7KB)
----extend_fragments.pl(7KB)
----misc()
--------match_2tables_byID.R(3KB)
--------plotNRL.R(8KB)
--------LoadAnnotation.BioMart.R(3KB)
--------README.md(3KB)
----.gitignore(160B)
----_config.yml(27B)
----extract_rows_occup.pl(7KB)
----compare_two_conditions.pl(18KB)
----extend_PE_reads.pl(9KB)