文件名称：RTCR:用于从高通量测序数据中完整而准确地恢复TCR库的管道
文件大小：793KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-28 04:25:10
Python
RTCR 恢复T细胞受体（RTCR）是用于从高通量测序数据中完整而准确地恢复TCR库的管道。 安装 RTCR需要一个外部对准器，我们为Bowtie 2选择了它，但是如果您想使用自己的对准器，请阅读“开关对准器”部分。 该管道已通过python 2.7.3版成功测试。 安装 安装 下载压缩文件并解压缩。 领结2不包括在此文件中，需要单独下载和安装（请参阅步骤1）。 打开终端并转到新提取的RTCR文件夹并运行： python setup.py install 要测试一切是否顺利，请键入“ rtcr”（然后按Enter）。 这应该导致打印出帮助，显示RTCR的命令行选项。 配置RTCR RTCR需要知道Bowtie 2的安装位置，特别是它需要知道'bowtie2-build'和'bowtie2'可执行文件所在的目录： rtcr Config Aligner.location=/pa
【文件预览】：
RTCR-master
----.gitignore(85B)
----changelog(6KB)
----tests()
--------test_RTCR.py(75KB)
----docs()
--------_config.yml(49B)
--------README.md(14KB)
----LICENSE(34KB)
----include()
--------util.h(289B)
----rtcr()
--------config.ini(1KB)
--------seq()
--------allele.py(9KB)
--------config.py(1KB)
--------heap.py(4KB)
--------trie()
--------util.py(18KB)
--------terminal.py(2KB)
--------fileio.py(18KB)
--------immune_receptor_reference.tsv.gz(69KB)
--------align.py(10KB)
--------convert.py(1KB)
--------qmerge.py(7KB)
--------checkout.py(8KB)
--------clone.py(20KB)
--------imerge.py(8KB)
--------barcode.py(6KB)
--------__init__.py(50B)
--------nmerge.py(2KB)
--------__main__.py(11KB)
--------umi_group_ec.py(7KB)
--------pipeline.py(21KB)
--------lmerge.py(10KB)
----src()
--------util.c(1KB)
--------cseq.c(34KB)
----example()
--------reads.fq.gz(294KB)
--------barcodes.txt(27B)
--------umi_reads.fq.gz(322KB)
----MANIFEST.in(209B)
----setup.py(1KB)