【文件属性】：
文件名称：bisbee:替代剪接分析管道
文件大小：7.47MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-23 00:23:59
Python
比斯比
替代剪接分析包。
Bisbee perfoms进行差异剪接分析，剪接离群值分析和剪接同工型蛋白序列预测。 这些分析步骤中的每一个都可以独立运行，也可以使用下面的工作流程组合到管道中。 Bisbee还提供实用程序脚本，用于提取数据，注释，过滤和汇总结果。 Bisbee已经使用来自剪接变体检测数据进行了开发和测试。
概述
引文
Bisbee：蛋白质组学验证的分析软件包，用于检测差异剪接，识别剪接离群值和预测剪接事件蛋白效应Rebecca F.Halperin，Apurva Hegde，Jessica D.Lang，Elizabeth A.Raupach，C4RCD研究组，Christophe Legendre，Winnie S Liang，Patricia M.LoRusso，Aleksandar Sekulic，Jeffrey A.Sosman，Jeffrey M.Trent，Sa
【文件预览】：
bisbee-master
----manuscript_analysis()
--------WangKuster_diffEval.m(11KB)
--------msDetectionFigures.m(19KB)
--------msIsoformDetection.m(5KB)
--------WangKuster_outlierEval.m(9KB)
----bisbee.png(120KB)
----LICENSE(1KB)
----.DS_Store(12KB)
----prot()
--------getTop.py(3KB)
--------getUnique.py(2KB)
--------utils.py(10KB)
--------__pycache__()
--------build.py(10KB)
--------makeGTF.py(2KB)
----utils()
--------getMinScores.py(980B)
--------combine.py(1KB)
--------filtOut.py(4KB)
--------__pycache__()
--------filtDiff.py(2KB)
--------outSampleCounts.py(2KB)
--------annotate.py(4KB)
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--------prep.py(7KB)
----README.md(15KB)
----example_input()
--------WangKuster_testSamples.txt(456B)
--------WangKuster_lowerGI.txt(449B)
--------WangKuster_bisbee.yaml(1KB)
--------merge_graphs_mutex_exons_C3.counts.hdf5(96B)
----workflows()
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--------minScoreOutlier_prot.jst(2KB)
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--------outlier_prot.jst(4KB)
--------diff.jst(566B)
----stats()
--------outlierFit.R(3KB)
--------outlierScore.R(1KB)
--------diff.R(5KB)
----example_output()
--------counts()
--------WangKuster.lowerGI.bisbeeOutlier.thresh10.0.min1test.scores.csv(40KB)
--------diff()
--------WangKuster.lowerGI.bisbeeOutlier.thresh10.0.min1test.csv(30KB)
--------prot()
--------WangKuster.top.fasta(1.7MB)
--------WangKuster.lowerGI.bisbeeOutlier.thresh10.0.min1test.summary.csv(72B)
--------WangKuster.BrainvsSI.bisbeeDiff.thresh8.0.csv(19KB)
--------outlier()
--------WangKuster.BrainvsSI.bisbeeDiff.thresh8.0.summary.csv(72B)