文件名称：COMPAS:比较替代剪接检测
文件大小：118KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-18 05:29:35
R
COMPAS-比较替代剪接检测 作者：Nilgun Donmez COMPAS是一种生物信息学工具，旨在分析成对的RNA-Seq数据集，以识别重要的剪接变体。 先决条件 要使用COMPAS，您需要在计算机上安装Perl（ ）和R（ ）。 COMPAS主要已经在使用以下版本的64位Linux环境上进行了测试（尽管较旧或较新的版本也可以使用）： Perl（5.14.2） R（2.15.1） 您还需要一个高效的RNA-Seq映射器（例如但不限于TopHat ），该映射器可以以.sam（或.bam）格式报告其输出。 映射器的选择留给用户使用，但是我们建议使用既可以使用注释又可以找到新颖的结点的软件。 还建议使用高映射灵敏度。 安装 要运行COMPAS，您需要在系统上安装“ compas” R软件包。 最好的方法是通过R中的install.packages（）函数： install.
【文件预览】：
COMPAS-master
----compas-manual.pdf(100KB)
----LICENSE(18KB)
----runCOMPAS.R(3KB)
----README.md(6KB)
----processSam.pl(21KB)
----mergeCounts.pl(5KB)
----compas()
--------NAMESPACE(31B)
--------R()
--------man()
--------DESCRIPTION(343B)