文件名称：miseq-16S-pipeline:HPC管线，用于在Illumina MiSeq上生成的重叠V4 16S rRNA读数
文件大小：1.06MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-01 07:21:21
Python
MISEQ 16S管道 这些是分析条形码MiSeq 16S rRNA的指令和源代码。 这些说明应将您从原始MISeq读取带到Oyl表，R中的Phyloseq或任何其他统计软件都可以使用该表。 奥斯汀·戴维斯（Austin -Richardson） 要求 usearch ，64位，版本6 Python 2.7或更高版本（但小于3） BioPython ， pandas和runstats （只需pip install -r requirements.txt ）。 Pandaseq （来自GitHub上的ref ）（ brew install pandaseq --HEAD将在您使用Mac并安装了homebrew + homebrew-science的情况下工作） ¹Pandaseq和usearch已安装在HPC上。 ²可能需要sudo 在HPC上运行 去做 笔记 必须使用支持-
【文件预览】：
miseq-16S-pipeline-master
----prepare.sh(413B)
----pipeline.sh(1KB)
----requirements.txt(47B)
----.Rhistory(0B)
----test()
--------run.sh(455B)
--------data()
--------setup_hpc.sh(61B)
----tutorial.md(11KB)
----data()
--------triplett-barcodes.csv(2KB)
--------golay-barcodes.csv(37KB)
----license.md(1KB)
----.gitignore(32B)
----readme.md(3KB)
----bin()
--------label-by-barcode(4KB)
--------summarize-output(5KB)
--------count-taxonomies(5KB)