文件名称：sortseq_belliveau:Belliveau等人的代码和分析。 2017年
文件大小：107.88MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-06 18:03:19
JupyterNotebook
剖析细菌中转录调控的分子机制的系统方法。 doi： jupyter_notebook /文件夹包含各种与附录中的工作相关的Jupyter笔记本。 此外，以下两个Jupyter笔记本可用于可视化Sort-Seq数据。 Sort-Seq_promoter_data_visualization.ipynb可用于查看每个启动子的表达位移，信息足迹和突变率的图。 Sort-Seq_energy_matrix_visualization.ipynb可用于可视化推断的能量矩阵。 所有处理后的数据均以整齐的.csv文件格式提供，使用Python中的熊猫最方便地查看它们，但也可以使用电子表格编辑器（例如Microsoft Excel）加载该文件。 用于分析和绘图的所有代码都是用Python编写的。 要运行文件，可能需要以下依赖项。 请注意，能量矩阵处理和一些绘制.py代码的图形需要PyMC