文件名称：Benchmarking-of-small-RNA-seq:小型RNA-seq文库制备方案的基准分析工作流程
文件大小：613KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-26 14:53:45
R
小RNA序列的对标 小型RNA-seq文库制备方案的基准分析工作流程 样品可在Gene Expression Omnibus上以登录号下载原始的fastq文件。 工作流程最初的修剪和映射是使用bash脚本完成的。 使用R脚本进行图形生成的计数和分析。 整个工作流程都需要从GEO下载样本。 一些R脚本期望工作流中不包含该世代的文件。 此类文件在此处上传到“ src”文件夹中。
【文件预览】：
Benchmarking-of-small-RNA-seq-master
----README.md(621B)
----main.sh(862B)
----references()
--------hg38-tRNAs.fa(81KB)
--------hsa_mature.fa(196KB)
--------miRXplore.fa(33KB)
--------hairpin_miRXplore.fa(51KB)
--------hsa_hairpin.fa(261KB)
----environment.yml(3KB)
----log()
--------F_genome.tab(3KB)
--------B_filtering.tab(3KB)
--------H_hairpin.tab(3KB)
--------I_piRNA.tab(1KB)
--------D_spikes.tab(2KB)
--------E_miRXplore.tab(3KB)
--------A_trimming.tab(2KB)
--------Ch_tRNA.tab(1KB)
--------J_ncRNA.tab(1KB)
--------G_mature.tab(3KB)
--------C_rRNA.tab(2KB)
----LICENSE(1KB)
----R()
--------src()
--------1_make_count_tables.R(3KB)
--------3_plasma.R(22KB)
--------2_miRXplore.R(26KB)
--------4_UMIs.R(5KB)
----scripts()
--------15_prepare_for_R.sh(635B)
--------1_trimming.sh(4KB)
--------13_mapping_to_ncRNA_ensembl.sh(2KB)
--------5_mapping_to_miRXplore.sh(1KB)
--------14_deduplicate_UMI.sh(933B)
--------9_prepare_for_mapping_to_isomiRs.sh(2KB)
--------10_mapping_to_isomiRs.sh(477B)
--------fastq_file_splitting.awk(170B)
--------summary_from_bowtie.py(1KB)
--------3_remove_rRNA.sh(900B)
--------12_mapping_to_piRNA.sh(2KB)
--------summary_from_STAR.py(2KB)
--------fasta_file_splitting.awk(163B)
--------2_filtering.sh(721B)
--------11_mapping_to_tRNA.sh(1KB)
--------summary_from_trimming.py(3KB)
--------summary_from_filter.py(1KB)
--------7_mapping_to_mature.sh(2KB)
--------6_mapping_to_genome.sh(6KB)
--------8_mapping_to_hairpin.sh(1KB)
--------4_mapping_to_spikes.sh(1016B)