文件名称：bviRNASeq:孕妇BVI项目的RNA-seq分析流程
文件大小：1.07MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-06 04:15:10
Python
BVI RNA-seq管线 以下说明概述了为母体BVI （细菌，病毒和免疫应答）项目运行RNA-seq分析管道的过程。 说明是针对参与华盛顿大学医学院项目的人员的。 因此，说明将在假设处理将于WashU RIS compute1使用计算服务器storage1和scratch1卷。 先决条件 要运行RNA-seq管道，需要以下先决条件组件。 FASTQ（成对读取的文件） Docker镜像 人类转录组参考 样本键 配置文件 Snakefile（Snakemake） 1. FASTQ（成对读取的文件） 流水线需要成对的FASTQ文件作为输入。 您将为管道提供列出FASTQ文件的文件名（fofn），每行一个文件名。 每个FASTQ应该具有列出磁盘上文件的标准路径。 在reads.fofn文件中列出要分析的所有样本，最小为一个FASTQ文件。 reads.fofn的路径将包含在reads fo
【文件预览】：
bviRNASeq-main
----bin()
--------copy_multiqc_stats.py(3KB)
--------merge_fastqc_adapter.py(4KB)
--------merge_kallisto_abundance.py(2KB)
--------link_fastq_files.py(3KB)
----example()
--------rulegraph.pdf(9KB)
--------HWFCGDSXX_GAATTCGT-GGCTCTGA_S25_L001_R2_001.fastq.gz(177KB)
--------config.yaml(261B)
--------AGCGATAG-AGGCGAAG_S1_R1_001.fastq.gz(161KB)
--------AGCGATAG-AGGCGAAG_S1_R2_001.fastq.gz(177KB)
--------transcripts.fa.ndx(79KB)
--------HWFCGDSXX_GAATTCGT-GGCTCTGA_S25_L001_R1_001.fastq.gz(161KB)
--------dag.pdf(13KB)
--------reads.fofn(216B)
--------transcripts.fa(4KB)
--------sample_key.tsv(31KB)
----images()
--------rulegraph.png(197KB)
--------dag.png(163KB)
----AUTHOR(36B)
----Dockerfile(2KB)
----CONTACT(208B)
----LICENSE(1KB)
----bvi_rnaseq.smk(6KB)
----.gitignore(66B)
----README.md(8KB)