文件名称：blast-validate:基于BLAST的宏基因组序列分配验证
文件大小：221.13MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-03 16:13:07
Perl
基于BLAST的宏基因组序列分配验证
出版物
发布于PeerJ
基于BLAST的宏基因组序列分配验证。 Bazinet AL，Ondov BD，Sommer DD，Ratnayake S.Peer J. 2018五月28; 6：e4892。 doi：10.7717 / peerj.4892。 eCollection 2018。
预印本可通过
Bazinet，AL，Ondov，BD，Sommer，DD，＆Ratnayake，S.（2017年）。 基于BLAST的宏基因组序列分配验证。 。
安装
git clone
安装
从源安装：
git clone https://github.com/marbl/Krona
cd Krona/KronaTools
./install.pl --prefix
【文件预览】：
blast-validate-master
----.gitmodules(92B)
----subway_analysis()
--------SRR1748708_Kraken_Ba.fasta.c0_i0_l0_b8_e-64_x.lca(22KB)
--------SRR1748708_kraken_results.zip(28.04MB)
--------SRR1748708_Kraken_Ba.fasta.c0_i0_l0_b128_e-64_x.lca(22KB)
--------SRR1748708_Kraken_Ba.fasta(135KB)
--------SRR1748708_Kraken_Ba.blast(21.51MB)
----scripts()
--------evaluate_parameter_sweep.pl(11KB)
--------blastValidate.pl(12KB)
--------convertFastqToFasta.pl(109B)
----custom_ART_profiles()
--------HiSeq2500L250R2.txt(335KB)
--------HiSeq2500L250R1.txt(309KB)
----manuscript_param_sweep_evals()
--------C_botulinum_A_str_ATCC_3502_250bp_param_sweep_eval(4KB)
--------C_botulinum_A_str_ATCC_3502_150bp_param_sweep_eval(5KB)
--------C_botulinum_CLE_250bp_param_sweep_eval(4KB)
--------B_cereus_group_CLE_250bp_param_sweep_eval(4KB)
--------Y_pestis_Angola_250bp_param_sweep_eval(4KB)
--------Y_pestis_CO92_250bp_param_sweep_eval(4KB)
--------E_coli_O157_H7_str_Sakai_150bp_param_sweep_eval(4KB)
--------C_botulinum_B1_str_Okra_250bp_param_sweep_eval(4KB)
--------B_anthracis_Cvac02_250bp_param_sweep_eval(4KB)
--------Y_pestis_CO92_150bp_param_sweep_eval(4KB)
--------E_coli_O157_H7_str_Sakai_250bp_param_sweep_eval(4KB)
--------Y_pestis_CLE_250bp_param_sweep_eval(3KB)
--------B_anthracis_Ames_Ancestor_250bp_param_sweep_eval(5KB)
--------B_anthracis_Ames_Ancestor_150bp_param_sweep_eval(4KB)
----README.md(4KB)
----simulated_reads()
--------Y_pestis_CO92_ART_sim.fasta(50.17MB)
--------B_cereus_JEM-2_ART_sim.fasta(55.74MB)
--------C_botulinum_A_str_ATCC_3502_ART_sim.fasta(40.54MB)
--------Y_pestis_Angola_ART_sim.fasta(48.69MB)
--------C_sporogenes_NCIMB_10696_ART_sim.fasta(43.34MB)
--------E_coli_O157_H7_str_Sakai_ART_sim.fasta(58.14MB)
--------B_anthracis_Ames_Ancestor_ART_sim.fasta(57.18MB)
--------E_coli_SRCC_1675_ART_sim.fasta(58.65MB)
--------Y_pseudotuberculosis_PB1_ART_sim.fasta(49.88MB)
--------B_anthracis_Cvac02_ART_sim.fasta(54.13MB)
--------C_botulinum_B1_str_Okra_ART_sim.fasta(42.65MB)
----kraken_results()
--------B_cereus_JEM-2_kraken_results.zip(2.72MB)
--------SRR1748708_kraken_results.zip(28.04MB)