文件名称：CNN预测TMB
文件大小：21.33MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-07 05:26:12
Python
CNN预测TMB tsv文件用来计算TMB值（R脚本）膀胱癌——BLCA结肠癌——COAD直肠癌-阅读肝癌——LIHC四个文件夹分别为膀胱癌，结肠癌，肝癌和直肠癌代码，代码实体基本一致，仅文件读取。存储地址部分需要修改。其他内容可参考代码注释。运行顺序为 筛选器：筛选病理图像，保证每个病例都有对应的基因数据可以计算TMB值 tmb_threshold：R脚本根据tsv文件的基因数据计算每个案例的TMB值，根据折线回归法选取TMB阈值 splitDataset：根据上一步计算的阈值将所有病例分为高低TMB（标签），注意只挑选20倍放大的病灶区切图数据 splitTrainV：将数据分为训练集，验证集和测试集 model_train_46：训练 预测：预测 1.5。 get20x和4.5.splitTrainV_correct_local可省略，step1-4可在本地运行（需安装python
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CNN-predict-TMB-master
----TCGA-COAD.muse_snv.tsv(19.93MB)
----TCGA-LUSC.muse_snv.tsv(15.26MB)
----TCGA-READ.muse_snv.tsv(5.06MB)
----TCGA-LUAD.muse_snv.tsv(16.55MB)
----liver()
--------1.filter.py(966B)
--------2.tmb_threshold.R(2KB)
--------4.splitTrainV.py(7KB)
--------predict.py(2KB)
--------model_train_46.py(3KB)
--------.RData(1.06MB)
--------.Rhistory(4KB)
--------.idea()
--------3.splitDataSet.py(2KB)
--------4.5.splitTrainV_correct_local.py(2KB)
--------1.5.get20x.py(735B)
----coad()
--------1.filter.py(902B)
--------2.tmb_threshold.R(2KB)
--------4.splitTrainV.py(7KB)
--------predict.py(2KB)
--------model_train_46.py(3KB)
--------.idea()
--------3.splitDataSet.py(2KB)
--------1.5.get20x.py(735B)
----TCGA-BLCA.muse_snv.tsv(11.36MB)
----eval.py(4KB)
----train5.0.py(7KB)
----README.md(996B)
----TCGA-LIHC.muse_snv.tsv(4.52MB)
----read()
--------1.filter.py(903B)
--------2.tmb_threshold.R(2KB)
--------4.splitTrainV.py(7KB)
--------predict.py(2KB)
--------model_train_46.py(3KB)
--------.idea()
--------3.splitDataSet.py(2KB)
--------1.5.get20x.py(735B)
----bladder()
--------1.filter.py(961B)
--------2.tmb_threshold.R(2KB)
--------4.splitTrainV.py(7KB)
--------tmb.eps(23KB)
--------make_tiles.py(2KB)
--------TCGA-BLCA.muse_snv.tsv(11.36MB)
--------.idea()
--------3.splitDataSet.py(2KB)
--------rename.py(517B)