文件名称：hiddenDomains:hiddenDomains：识别 ChIP-seq 富集的现代 HMM-开源
文件大小：169.92MB
文件格式：GZ
更新时间：2024-06-21 10:34:26
开源软件
hiddenDomains 使用隐马尔可夫模型来识别 ChIP-seq 数据中的丰富域。 它接受 BAM 文件作为输入，并且可以在有或没有控制数据的情况下执行分析。 输出是一个 BED 文件，可用于 UCSC 基因组浏览器，其中包含域并根据其后验概率进行颜色编码。
【文件预览】：
hiddenDomains
----hiddenDomains(9KB)
----ChromInfo_hg18.txt(376B)
----ChromInfo_mm10.txt(331B)
----ChromInfo_hg19.txt(376B)
----hiddenDomains.R(18KB)
----run_hiddenDomains.R(485B)
----centersToGEM.pl(227B)
----results_analysis.bed(52KB)
----._.DS_Store(120B)
----peakCenters(4KB)
----domainsMergeToBed.pl(6KB)
----index.html(23KB)
----LICENSE(15KB)
----results_domains.txt(347KB)
----.DS_Store(6KB)
----run_hiddenDomains_no_control.R(426B)
----k27me3_chr6.bam(73.19MB)
----ChromInfo_mm9.txt(331B)
----results_control_bins.txt(12.24MB)
----binReads.pl(5KB)
----k27me3_chr6.bedgraph.gz(11.74MB)
----results_vis.bed(665KB)
----preComputedFiles()
--------k27_hiddenDomains.bed(665KB)
--------k27_hiddenDomains.txt(347KB)
--------chr6_false_positive_without_control.png(36KB)
--------chr6_hox_cluster.png(62KB)
--------k27me3_chr6_bins.txt(12.24MB)
--------k27_hiddenDomains_no_control.bed(1.84MB)
--------input_chr6_bins.txt(12.24MB)
--------chr6_hox_cluster.pdf(24KB)
--------k27_hiddenDomains_no_control.txt(852KB)
--------chr6_false_positive_without_control.pdf(14KB)
----._DOCUMENTATION.html(171B)
----domainsToBed.pl(4KB)
----input_chr6.bedgraph.gz(9.74MB)
----DOCUMENTATION.html(25KB)
----results_treatment_bins.txt(12.24MB)
----input_chr6.bam(63.21MB)