文件名称：HPeak:一种基于 HMM 的算法，用于从 ChIP-seq 数据中定义富集区域-开源
文件大小：10.59MB
文件格式：GZ
更新时间：2024-07-29 07:50:27
开源软件
HPeak 是一种基于隐马尔可夫模型的方法，可以准确地定位到更多序列读数映射的区域。 对真实数据的测试表明，这些区域确实被正确的蛋白质结合位点高度富集。 命令（单端）： perl /compbio/software/HPeak3/HPeak.pl -sp HUMAN/MOUSE -format BED -t TREATMENT.inp -c CONTROL.inp -n OUTPUTPREFIX -fmin 100 -fmax 300 -r 36 -ann -wig -seq -interfiles 命令（pair-end）：perl /compbio/software/HPeak3/HPeak.pl -sp HUMAN/MOUSE -format BED -pe TREATMENT.inp -c CONTROL.inp -n OUTPUTPREFIX -isize 200 -r 100 -pec（如果控制是 PE） -ann -wig -seq –interfiles 注意：1. 默认物种是人类。 还支持鼠标。 如果需要，可以添加任何其他基因组。 2. 默认格式为 BED。 也支持E
【文件预览】：
HPeak3
----maxsinglebasecover.pl(9KB)
----chrwisewindow.multi.pl(11KB)
----minus.pl(2KB)
----wig.minus.region.pl(3KB)
----peakann_hg19.pl(13KB)
----hmmminus_mm9(51KB)
----get_pair_end.py(359B)
----minus.run.pl(2KB)
----summary.pl(10KB)
----chrwisewindow.py(5KB)
----maxsinglebasecover.minus.pl(14KB)
----chrwisewindow.pl(8KB)
----run.pl(2KB)
----readme(433B)
----minus(51KB)
----summary.multi.pl(16KB)
----summary.minus.pl(13KB)
----minus.region.pl(6KB)
----minus.run_oldmm9.pl(1KB)
----wig.region.pl(2KB)
----HPeak.pl(24KB)
----chiphmm(53KB)
----data()
--------mm9()
--------hg18()
--------hg19()
----trim.py(2KB)
----hmmminus(54KB)
----peakann_hg18.pl(13KB)
----autoregion.pl(5KB)
----peakann_mm9.pl(13KB)
----chiphmm_mm9(51KB)