文件名称：trna-chip-pipeline:用于tRNA数据的上游ChIP-seq分析管道
文件大小：13KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-22 15:04:21
Python
项目结构说明 run.sh 运行管道的主要入口点。 process-single-job.sh 该脚本对于每个库仅运行一次。 它在该库上运行整个分析管道。 TODO ：这仅允许单个线性依赖项。 考虑使用复制或后台库的高峰调用者。 目前，使用此管道是不可行的。 tools/ 各个工具的文件夹。 每个工具都有两个参数，输入名称和输出名称。 这些是“原始”文件名，这意味着它们可能必须在工具中附加文件扩展名或其他后缀。 每个工具都应该知道预期和产生的结果。 另外，每个工具都可以访问由以前缀project_开头的环境变量和一组帮助器功能组成的项目环境。 工具应与平台无关。 例如， map-reads调用工具bwa但不关心其路径。 这项工作是管道的工作。 tools-setup.sh 包含路径环境的配置； 例如，这可以定义（并导出）函数bwa ，该函数解析为当前计算机的BWA二进制文件的
【文件预览】：
trna-chip-pipeline-master
----.gitignore(23B)
----tools-setup.sh(178B)
----helpers.sh(545B)
----LICENSE(11KB)
----tools()
--------trna-call-peaks.sh(2KB)
--------map-reads.sh(418B)
--------unpack-archived.sh(151B)
--------reallocate.sh(67B)
--------filter-quality.sh(201B)
--------sort-and-index.sh(122B)
--------qc-report.sh(72B)
----README.md(1KB)
----run.sh(1KB)
----process-single-job.sh(1KB)
----parse_config.py(3KB)
----test()
--------test.conf(207B)
----parse_config(85B)