【文件属性】：
文件名称：ChIP-Seq-pipeline:用于ChIP-Seq分析的管道
文件大小：13KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-06 23:10:08
bioinformatics-pipeline chip-seq Shell
ChIP-Seq分析管道（ChAP）
介绍
该ChIP-Seq肛门分析管道（ChAP）将允许您对配对末端的ChIP-Seq NGS数据进行逐步分析。 它可以采用单端或双端NGS数据。
软件依赖项
安装
要下载存储库（在/ home中的任何位置）：
git clone https://github.com/niekwit/ChIP-Seq-pipeline.git
除了Picard（可以将其安装在/ home中的任何位置）之外，所有依赖项都应包含在环境变量中。
align设置
HISAT2和bwa索引文件必须从fasta文件中手动构建。 它们的位置必须在align.sh文件中更改（适用于自动检测）。
可以在此处找到列入黑名单的区域，并且必须在align.sh文件中更改其位置（适用于自动检测）。
用法
用任何包含子文件夹raw-data名称创建一个主文件夹。 该子文件夹包含所有
【文件预览】：
ChIP-Seq-pipeline-master
----settings.yaml(857B)
----dedup.sh(622B)
----downsample.sh(2KB)
----ngsplot.sh(2KB)
----sample-size.R(2KB)
----align.sh(7KB)
----rename.sh(382B)
----fastqc.sh(522B)
----chip-seq-pipeline.sh(3KB)
----README.md(3KB)
----chip-seq.py(3KB)
----bigwig.sh(2KB)
----peaks.sh(2KB)
----genome-index.conf(586B)
----qc.sh(2KB)