文件名称：DeCET：用于分析异构组蛋白修饰ChIP-seq数据集的代码
文件大小：2.08MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-05 01:06:29
JupyterNotebook
DeCET（表观基因组张量的分解和分类） 储存库内容 包含用于执行DeCET核心组件的脚本。 组蛋白修饰ChIP-seq数据集（或其他基因组信号数据集）格式化为PyTorch双张量。 ChIP-seq数据必须以床格式输入为对齐的单端读取。 获得ChIP-seq数据张量的高阶奇异值分解（HOSVD）。 缩放函数，用于实现ChIP-seq数据张量的比率中值（MOR）缩放。 特定于4阶张量，且在第一和第二索引上执行了MOR。 此缩放功能用于平滑肌瘤和乳腺癌数据集。 缩放函数，用于实现3阶ChIP-seq数据张量的比率中值（MOR）缩放。 对于第二索引的每个值，分别在第一索引上执行MOR缩放。 此缩放功能用于REMC和前列腺癌数据集。 用于分析结果的Python脚本和Jupyter笔记本。 一个Jupyter笔记本，用于分析平滑肌瘤和子宫肌层数据集的HOSVD投影。 该笔记本包含用于识
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DeCET-master
----DeCET_REMC_demo()
--------DeCET_REMC_demo_HOSVD_projections.pt(2KB)
--------DeCET_REMC_demo_HOSVD_projections.txt(5KB)
--------DeCET_REMC_demo.ipynb(31KB)
--------DeCET_REMC_demo_input.txt(693B)
----DeCET_downstream_analysis()
--------auxiliary_bed_functions.py(6KB)
--------contact_domain_alterations.ipynb(160KB)
--------ATACseq_merged_summit_pileup.ipynb(120KB)
--------analysis_of_HOSVD_projections.ipynb(994KB)
--------classification_cross_validation.py(20KB)
--------epigenetically_regulated_genes.ipynb(14KB)
--------DeCET_BCCL_final.ipynb(498KB)
--------DeCET_REMC_adult_tissues_final.ipynb(552KB)
--------DeCET_PCa_final.ipynb(176KB)
--------DeCET_REMC_muscle_types_final.ipynb(219KB)
--------region_functional_characterization.ipynb(232KB)
--------motif_calling_analysis.ipynb(136KB)
--------DeCET_REMC_Tcell_final.ipynb(218KB)
--------super_enhancer_overlap.ipynb(161KB)
--------define_gene_regulatory_regions.ipynb(14KB)
----DeCET_core_scripts()
--------DeCET_get_data_tensor.py(19KB)
--------MOR_order3_scaling_ChIPseq.py(1KB)
--------MOR_scaling_ChIPseq.py(1KB)
--------__pycache__()
--------DeCET_HOSVD.py(8KB)
----LICENSE(34KB)
----README.md(25KB)