文件名称：SAGE2:新的基因组组装者
文件大小：101KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-17 08:18:55
C++
系统要求 SAGE2是使用C ++ / OpenMP的从头基因组组装器。 建议在将基因组与SAGE2组装之前，先用RACER校正读段。 SAGE2设计为在安装了gcc的64位Linux环境上运行。 人类基因组大约需要250GB-450GB的内存。 安装 从Anaconda或Bioconda安装： conda install -c mmolnar sage2 从GitHub安装： git clone https://github.com/lucian-ilie/SAGE2 然后转到SAGE2文件夹并键入： make 奔跑的贤者2 应该首先使用可以从Anaconda或Bioconda安装的RACER纠正读取的错误： conda install -c mmolnar racer 或从GitHub： https://github.com/lucian-ilie/RACER 使用以下命令
【文件预览】：
SAGE2-master
----inputReader()
--------kseq.h(9KB)
--------fastAQReader.h(710B)
--------readLoader.h(1KB)
--------inputReader.h(739B)
--------fastAQReader.cpp(967B)
--------readLoader.cpp(10KB)
--------inputReader.cpp(1KB)
----overlapGraph()
--------copycountEstimator.cpp(25KB)
--------overlapGraph.h(2KB)
--------cs2()
--------simplification.h(831B)
--------simplification.cpp(8KB)
--------copycountEstimator.h(841B)
--------overlapGraph.cpp(31KB)
----economyGraph()
--------hashTable.cpp(22KB)
--------hashTable.h(1KB)
--------economyGraph.cpp(31KB)
--------economyGraph.h(2KB)
----main.cpp(15KB)
----LICENSE(34KB)
----README.md(4KB)
----utils.h(1KB)
----makefile(2KB)
----main.h(1KB)
----utils.cpp(7KB)
----matePair()
--------matePair.cpp(18KB)
--------mergeContigs.h(4KB)
--------mergeContigs.cpp(84KB)
--------scaffolding.cpp(38KB)
--------matePair.h(2KB)
--------scaffolding.h(2KB)