文件名称：BRACIL-IA:从ChIP-seq数据推断细菌中的基因组可及性。-开源
文件大小：106.29MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-16 13:38:15
开源软件
此编码细菌中转录因子（TF）结合的基因组可及性。 转录因子需要物理接触其可能结合的DNA。 但是，在进行这项工作之前，不可能测量和评估细菌中DNA的可及性。 该代码使用来自多个实验的ChIP-seq推断出隐藏的变量，以实现基因组可访问性。 这是通过考虑两个参数的线性混合效应模型执行的：DNA亲和力和DNA可及性。 以下参考文献中描述了该法规的基础及其生物学相关性：Gomes ALC，Wang HH（2016）基因组可及性在细菌转录因子结合中的作用。 PLoS Comput Biol 12（4）：e1004891。 doi：10.1371 / journal.pcbi.1004891
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