文件名称：scAgeCom:从scRNA-seq分析细胞间通讯的失调与年龄的关系
文件大小：1.17MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-02 10:34:41
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通讯公司 该存储库包含用于生成与scAgeCom相关的数据的脚本，scAgeCom是我们的“细胞间通讯中与年龄有关的变化的小鼠地图集”（正在准备手稿） 数据是通过将我们的R软件包scDiffCom与可从和公开获得的scRNA-seq数据相结合而产生的。 这些数据然后显示在我们的Shiny App 。
【文件预览】：
scAgeCom-master
----old_deprecated()
--------old_stuff_to_do.R(63KB)
--------en_cours3.R(5KB)
--------analysis_7_GO_terms.Rmd(11KB)
--------old_analysis_6_FPM.R(0B)
--------old_analysis_4b_sex_filtering_ora_fpm.Rmd(8KB)
--------old_analysis_5_go_scores.R(11KB)
--------analysis_1b_Seurat_statistics.R(21KB)
--------analysis_8_LRI_CCI_graphs.Rmd(20KB)
--------en_cours.R(17KB)
--------analysis_1c_cell_ontology.Rmd(28KB)
--------src()
--------analysis_5c_go_span_freqs_ancestors.Rmd(13KB)
--------analysis_4b_gender_exploration.R(23KB)
--------single_subunits_analyses()
--------analysis_2_LRdb_selection.R(6KB)
--------old_analysis_4_filtering.R(4KB)
--------analysis_1c_old_2_cell_ontology.Rmd(6KB)
--------analysis_2_LRdb_exploration.R(17KB)
--------examples()
--------config.yml(1KB)
--------old_analysis_4a_filtering_ora_fpm.Rmd(3KB)
--------analysis_5_global_analysis.R(14KB)
--------test()
--------deprecated_srcs()
--------old_analysis_7_enrichment.R(3KB)
--------old_analysis_6b_ligandreceptor_contributions.Rmd(6KB)
--------analysis_4_result_exploration.R(13KB)
--------old_analysis_5_ORA.R(10KB)
--------old_analysis_5b_go_scores.R(23KB)
--------analysis_1c_old_1_celltypes.Rmd(29B)
--------analysis_1a_Seurat_processing.R(11KB)
--------analysis_2b_LRI_aging_annotation.R(3KB)
--------en_cours2.R(7KB)
--------analysis_6_clustering.R(29KB)
--------analysis_7_GO_clustering.Rmd(6KB)
--------analysis_3_run_scDiffCom_final.R(3B)
--------old_analysis_4c_LR_ora_bipartiteGraphs.Rmd(4KB)
----README.html(721KB)
----requirements.txt(100B)
----analysis()
--------analysis_4_tissue_specific_results.R(19KB)
--------analysis_1_scRNAseq_data_preparation.R(2KB)
--------analysis_5_tissue_shared_results.R(8KB)
--------analysis_6_shiny_data_preparation.R(815B)
--------analysis_3_scDiffCom_objects_preparation.R(6KB)
--------analysis_2_LRI_data_preparation.R(2KB)
----README.md(624B)
----scAgeCom.Rproj(218B)
----.gitignore(94B)