文件名称：寻找RNA：全面的质量控制和定量RNA-seq流程
文件大小：6.24MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-23 20:35:27
quality-control rna-seq gene-expression singularity gene-fusions
寻求RNA 用于分析RNA序列数据的开源，可复制和可扩展的解决方案。 目录 2.1 2.22.32.4 3.13.2 3.3 1.简介 RNA测序（ RNA-seq ）具有广泛的应用。 这种流行的转录组分析技术可用于定量基因和同工型表达，检测其他剪接事件，预测基因融合，调用变体等等。 RNA-seek是一个全面的开放源代码RNA-seq管道，它依赖于诸如和来保持最高水平的可重复性。 该管道包括由精心策划的一系列数据处理和质量控制步骤， 是一种灵活且可扩展的工作流管理系统，用于将作业提交给集群或云提供商。 图1.在计算实例上本地运行，使用群集在本地运行，或使用AWS在云上运行。 用户可以定义执行的方法或模式。 管道可以使用作业调度程序（例如SLURM）将作业提交到集群，也可以使用Tibanna在AWS上运行（功能即将推出！）。 混合方法可确保所有用户均可访问管道。 作为可选步骤，可以
【文件预览】：
RNA-seek-main
----.tests()
--------run.json(67KB)
--------WT_S2.R2.fastq.gz(806KB)
--------WT_S2.R1.fastq.gz(726KB)
--------KO_S3.R1.fastq.gz(729KB)
--------KO_S3.R2.fastq.gz(827KB)
--------KO_S4.R2.fastq.gz(820KB)
--------WT_S1.R2.fastq.gz(817KB)
--------groups.tab(56B)
--------WT_S1.R1.fastq.gz(725KB)
--------KO_S4.R1.fastq.gz(732KB)
----config()
--------samples.tsv(13B)
--------config.yaml(127B)
--------templates()
--------genomes()
----.github()
--------workflows()
----resources()
--------overview.svg(119KB)
--------TruSeq_and_nextera_adapters.consolidated.fa(3KB)
--------nih-bnfo-logo.png(24KB)
--------fastq_screen.conf(4KB)
--------multiqc_config.yaml(2KB)
--------cluster.json(2KB)
--------cleanup(564B)
--------RNA-seek_Pipeline.svg(131KB)
--------submit(9KB)
--------README.md(295B)
--------fastq_screen_2.conf(4KB)
----LICENSE(1KB)
----rna-seek(34KB)
----.gitignore(2KB)
----workflow()
--------Snakefile(7KB)
--------schemas()
--------report()
--------envs()
--------rules()
--------scripts()
----README.md(15KB)
----.editorconfig(249B)
----.gitattributes(66B)