文件名称：kallisto:接近最佳的RNA-Seq定量
文件大小：2.71MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-18 12:08:25
rna-seq kallisto pseudoalignment C
卡利斯托 kallisto是一个程序，可使用高通量测序读数从RNA-Seq数据或更广泛地对靶序列进行转录本定量。 它基于伪比对的新思想，可快速确定读码与靶标的兼容性，而无需进行比对。 在具有标准RNA-Seq数据的基准测试中， kallisto可以在Mac台式计算机上不到3分钟的时间内，仅使用读取序列和本身需要10分钟即可完成的转录组索引，就可以定量分析3000万个人的大量RNA-seq读数。 读数的伪比对保留了定量所需的关键信息，因此Kallisto不仅速度快，而且与其他现有定量工具相比也相当准确。 实际上，由于伪比对程序对读取中的错误具有鲁棒性，因此在许多基准测试中， kallisto的性能明显优于现有工具。 Kallisto算法在以下内容中有更详细的描述： NL Bray，H Pimentel，P Melsted和L Pachter，《序列 ，《自然生物技术》第34期，第525--