文件名称：kallisto-nf:Kallisto和Sleuth RNA-Seq工具的nextflow实现
文件大小：107.07MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-04 08:59:14
pipeline nextflow kallisto sleuth-rna-seq Nextflow
Kallisto-NF Kallisto和Sleuth RNA-Seq工具的Nextflow实现 快速开始 确保您已在上一节中列出了所有必需的依赖项。 通过运行以下命令来安装Nextflow运行时： $ curl -fsSL get.nextflow.io | bash 完成后，您可以通过输入以下所示的命令来启动管道执行： $ nextflow run cbcrg/kallisto-nf 默认情况下，对提供的示例数据集执行管道。 检查下面的“管道参数”部分，以了解如何在程序命令行中输入数据。 管道参数 --reads 指定读取的fastq文件的位置。 可以使用通常的通配符（*，？）指定多个文件，在这种情况下，请确保参数字符串值用单引号引起来（请参见下面的示例） 它必须以.fastq 。 参与的任务：Kallisto映射。 默认情况下，它设置为Kallisto-NF的位
【文件预览】：
kallisto-nf-master
----.travis.yml(240B)
----tutorial()
--------experiment()
--------transcriptome()
--------reads()
----bin()
--------sleuth.R(1KB)
--------kallisto_linux-v0.42.4.bin(15.78MB)
--------sleuth_live.R(75B)
----Dockerfile(1KB)
----kallisto.nf(4KB)
----.gitignore(42B)
----circle.yml(188B)
----.dockerignore(15B)
----README.md(5KB)
----nextflow.config(425B)