【文件属性】:
文件名称:kallisto-nf:Kallisto和Sleuth RNA-Seq工具的nextflow实现
文件大小:107.07MB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-05-15 15:12:34
pipeline nextflow kallisto sleuth-rna-seq Nextflow
Kallisto-NF
Kallisto和Sleuth RNA-Seq工具的Nextflow实现
快速开始
确保您已在上一节中列出了所有必需的依赖项。
通过运行以下命令来安装Nextflow运行时:
$ curl -fsSL get.nextflow.io | bash
完成后,您可以通过输入以下所示的命令来启动管道执行:
$ nextflow run cbcrg/kallisto-nf
默认情况下,对提供的示例数据集执行管道。 检查下面的“管道参数”部分,以了解如何在程序命令行中输入数据。
管道参数
--reads
指定读取的fastq文件的位置。
可以使用通常的通配符(*,?)指定多个文件,在这种情况下,请确保参数字符串值用单引号引起来(请参见下面的示例)
它必须以.fastq 。
参与的任务:Kallisto映射。
默认情况下,它设置为Kallisto-NF的位
【文件预览】:
kallisto-nf-master
----.travis.yml(240B)
----tutorial()
--------experiment()
--------transcriptome()
--------reads()
----bin()
--------sleuth.R(1KB)
--------kallisto_linux-v0.42.4.bin(15.78MB)
--------sleuth_live.R(75B)
----Dockerfile(1KB)
----kallisto.nf(4KB)
----.gitignore(42B)
----circle.yml(188B)
----.dockerignore(15B)
----README.md(5KB)
----nextflow.config(425B)