文件名称：sgRNAcas9:用于设计 CRISPR sgRNA 和评估脱靶位点的软件-开源
文件大小：399KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-21 02:26:49
开源软件
该软件包包括使用用户定义的参数搜索 CRISPR 目标位点（原型间隔区）、预测全基因组 Cas9 潜在脱靶切割位点 (POT)、将 POT 分为三类、批量设计寡核苷酸以构建 20 -nt（核苷酸）或截断的 sgRNA 表达载体，提取所需长度的核苷酸序列，位于目标或脱靶切割位点两侧，用于设计 PCR 引物对，以通过 T7E1 切割测定验证突变。 重要的是，通过在计算机中识别潜在的脱靶位点，sgRNAcas9 允许选择更具体的目标位点并帮助识别真正的脱靶位点，显着促进用于基因组编辑应用的 sgRNA 设计。 引用：Xie S、ShenB、Zhang C、Huang X、Zhang Y。sgRNAcas9：用于设计 CRISPR sgRNA 和评估潜在脱靶切割位点的软件包。 公共科学图书馆一。 2014,9(6):e100448。 http://www.biootools.com/
【文件预览】：
sgRNAcas9_3.0.5
----README.txt(31KB)
----sgRNAcas9_3.0.5.pl(43KB)
----hEMX1_example.txt(2KB)
----Seqmap()
--------seqmap-1.0.12-mac-64(168KB)
--------seqmap-1.0.12-linux-64(151KB)
--------seqmap-1.0.12-linux(151KB)
--------seqmap-1.0.12-mac(163KB)
--------seqmap-1.0.12-windows.exe(200KB)
----genome_example.fa(2KB)
----Usefull_Script()
--------pot2gtf_v2.pl(3KB)
--------sgRPrimer.pl(4KB)
--------format_genome.pl(2KB)
--------combine_genome.pl(2KB)
--------ot2gtf_v2.pl(3KB)
--------extract_targetSeq.pl(5KB)
--------check_sgRNA_seq.pl(3KB)